Убираем SSHD из автозагрузки:
update-rc.d -f ssh remove

Если, будет необходимость загружать демон при старте системы, выполним следующую команду:
update-rc.d ssh defaults (defaults запихивает скрипт в ранлевелы 2, 3, 4 и 5, а также добавляет линки для остановки в ранлевелы 0, 1 и 6)

Посложнее...

в этих папках скрипты остановки сервисов
/etc/rc0.d/ /etc/rc1.d/ /etc/rc6.d/
в этих папках скрипты запуска сервисов
/etc/rc2.d/ /etc/rc3.d/ /etc/rc4.d/ /etc/rc5.d/

изучаем их на предмет последовательности (чем меньше первая цифра в начале скрипта там раньше запускается\останавливается приложение)
это может быть критично если ваше приложение будет зависит от каких-то сервисов

после того как определились со скриптом запуска и очередностью выполняем следующее :

sudo update-rc.d my_script start 70 2 3 4 5 . stop 20 0 1 6 .

здесь я определил что мой скриптик должен запускаться попозже остальных(70), и останавливаться пораньше(20)
волшебные циферки 2 3 4 5 0 1 6 означают уровни загрузки.
Если что-то не понравилось все можно удалить

sudo update-rc.d -f my_script remove